La méthanisation et le biométhane ainsi produit constituent un potentiel intéressant pour la transition énergétique. Cependant, la variabilité des projets et la multifonctionnalité de la méthanisation complexifient l’analyse et la quantification des impacts environnementaux de la filière, notamment nécessaire à la construction de scénarios prospectifs loco-régionaux. Nous proposons une méthodologie systémique basée sur les flux physiques dont l’application présentée permet la production de facteurs d’émissions territorialisés du biométhane agricole.